Prof. Dr. Marc Aubreville


Prof. Dr. Marc Aubreville

Forschungsprofessor, Studienfachberater Bio- und Medizininformatik/Computational Life Sciences

Raum: K201
Lehrgebiet: Bildverstehen und medizinische Anwendung der künstlichen Intelligenz
Fakultät: Fakultät I

Vita


  • Seit 10/2020 Forschungsprofessor an der THI
  • 05/2020-09/2020 (Teilzeit): Post-doc am Lehrstuhl für Mustererkennung der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg
  • 10/2016-05/2020 (Teilzeit): Promotion am Lehrstuhl für Mustererkennung der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg
  • 04/2017-09/2020 (Teilzeit): Systemarchitekt, Sivantos GmbH
  • 02/2010-03/2017: Entwicklungsingenieur Audiosignalverarbeitung, Siemens Audiologische Technik GmbH / Sivantos GmbH
  • 10/2003-12/2009: Studium der Elektro- und Informationstechnik, Karlsruher Institut für Technologie

Publikationen

2022

Ammeling , Jonas ; Schmidt , Lars-Henning ; Ganz , Jonathan ; Niedermair , Tanja ; Brochhausen-Delius , Christoph ; Schulz , Christian ; Breininger , Katharina ; Aubreville , Marc
Attention-based Multiple Instance Learning for Survival Prediction on Lung Cancer Tissue Microarrays
Herausgeber : arXiv pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/3064/2212.07724.pdf
Wilm , Frauke ; Marzahl , Christian ; Breininger , Katharina ; Aubreville , Marc
Domain Adversarial RetinaNet as a Reference Algorithm for the MItosis DOmain Generalization Challenge
Herausgeber : Springer
Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Bartel , Alexander ; Donovan , Taryn A. ; Fuchs-Baumgartinger , Andrea ; Breininger , Katharina ; Kiupel , Matti ; Aubreville , Marc
Expert Review of Algorithmic Mitotic Count Predictions Ensures High Reliability
Herausgeber : Elsevier
Marzahl , Christian ; Hill , Jenny ; Stayt , Jason ; Bienzle , Dorothee ; Welker , Lutz ; Wilm , Frauke ; Voigt , Jörn ; Aubreville , Marc ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert ; Breininger , Katharina ; Bertram , Christof
Inter-species cell detection
Herausgeber : Springer Nature pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/2931/s41597-022-01389-0.pdf
Aubreville , Marc ; Stathonikos , Nikolas ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Hoeve , Natalie ter ; Ciompi , Francesco ; Wilm , Frauke ; Marzahl , Christian ; Donovan , Taryn A. ; Maier , Andreas ; Breen , Jack ; Ravikumar , Nishant ; Chung , Youjin ; Park , Jinah ; Nateghi , Ramin ; Pourakpour , Fattaneh ; Fick , Rutger H. J. ; Hadj , Saima Ben ; Jahanifar , Mostafa ; Shepard , Adam ; Dexl , Jakob ; Wittenberg , Thomas ; Kondo , Satoshi ; Lafarge , Maxime W. ; Kolezer , Viktor H. ; Liang , Jingtang ; Wang , Yubo ; Long , Xi ; Liu , Jingxin ; Razavi , Salar ; Khademi , April ; Yang , Sen ; Wang , Xiyue ; Erber , Ramona ; Klang , Andrea ; Lipnik , Karoline ; Bolfa , Pompei ; Dark , Michael J. ; Wasinger , Gabriel ; Veta , Mitko ; Breininger , Katharina
Mitosis domain generalization in histopathology images
Herausgeber : Elsevier
Wilm , Frauke ; Fragoso , Marco ; Marzahl , Christian ; Qiu , Jingna ; Puget , Chloé ; Diehl , Laura ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas ; Breininger , Katharina ; Aubreville , Marc
Pan-tumor CAnine cuTaneous Cancer Histology (CATCH) dataset
Herausgeber : Springer Nature pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/2874/s41597-022-01692-w.pdf
Sievert , Matti ; Mantsopoulos , Konstantinos ; Müller , Sarina K. ; Eckstein , Markus ; Rupp , Robin ; Aubreville , Marc ; Stelzle , Florian ; Oetter , Nicolai ; Maier , Andreas ; Iro , Heinrich ; Goncalves , Miguel
Systematic interpretation of confocal laser endomicroscopy
Herausgeber : Pacini pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/2917/1643-ArticleText-17164-2-10-20220307.pdf
Sievert , Matti ; Aubreville , Marc ; Gostian , Antoniu-Oreste ; Mantsopoulos , Konstantinos ; Koch , Michael ; Müller , Sarina K. ; Eckstein , Markus ; Rupp , Robin ; Stelzle , Florian ; Oetter , Nicolai ; Maier , Andreas ; Iro , Heinrich ; Goncalves , Miguel
Validity of tissue homogeneity in confocal laser endomicroscopy on the diagnosis of laryngeal and hypopharyngeal squamous cell carcinoma
Herausgeber : Springer Nature pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/2318/Sievert2022_ValidityOfTissueHomogeneity.pdf
Pan , Zhaoya ; Breininger , Katharina ; Aubreville , Marc ; Stelzle , Florian ; Oetter , Nicolai ; Maier , Andreas ; Mantsopoulos , Konstantinos ; Iro , Heinrich ; Goncalves , Miguel ; Sievert , Matti
Defining a baseline identification of artifacts in confocal laser endomicroscopy in head and neck cancer imaging
Herausgeber : Elsevier

2021

Meuten , Donald J. ; Moore , Frances M. ; Donovan , Taryn A. ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Foster , Robert A. ; Smedley , Rebecca C. ; Dark , Michael J. ; Milovancev , Milan ; Stromberg , Paul ; Williams , Bruce H. ; Aubreville , Marc
International guidelines for veterinary tumor pathology
Herausgeber : Sage
Sievert , Matti ; Mantsopoulos , Konstantinos ; Müller , Sarina K. ; Rupp , Robin ; Eckstein , Markus ; Stelzle , Florian ; Oetter , Nicolai ; Maier , Andreas ; Aubreville , Marc ; Iro , Heinrich ; Goncalves , Miguel
Validation of a classification and scoring system for the diagnosis of laryngeal and pharyngeal squamous cell carcinomas by confocal laser endomicroscopy
Herausgeber : Elsevier pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/2088/1-s2.0-S1808869421001245-main.pdf
Marzahl , Christian ; Wilm , Frauke ; Tharun , Lars ; Perner , Sven ; Kröger , Christine ; Voigt , Jörn ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas ; Aubreville , Marc ; Breininger , Katharina
Robust quad-tree based registration on whole slide images
Herausgeber : Array
Donovan , Taryn A. ; Moore , Frances M. ; Bertram , Christof ; Luong , Richard ; Bolfa , Pompei ; Klopfleisch , Robert ; Tvedten , Harold ; Salas , Elisa N. ; Whitley , Derick B. ; Aubreville , Marc ; Meuten , Donald J.
Mitotic figures - normal, atypical, and imposters
Herausgeber : Sage
Theelke , Luisa ; Wilm , Frauke ; Marzahl , Christian ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas ; Aubreville , Marc ; Breininger , Katharina
Iterative Cross-Scanner Registration for Whole Slide Images
Herausgeber : IEEE
Sievert , Matti ; Stelzle , Florian ; Aubreville , Marc ; Müller , Sarina K. ; Eckstein , Markus ; Oetter , Nicolai ; Maier , Andreas ; Mantsopoulos , Konstantinos ; Iro , Heinrich ; Goncalves , Miguel
Intraoperative free margins assessment of oropharyngeal squamous cell carcinoma with confocal laser endomicroscopy
Herausgeber : Springer Nature pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1091/Sievert2021_Article_IntraoperativeFreeMargins.pdf
Marzahl , Christian ; Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Maier , Jennifer ; Bergler , Christian ; Kröger , Christine ; Voigt , Jörn ; Breininger , Katharina ; Klopfleisch , Robert
EXACT: a collaboration toolset for algorithm-aided annotation of images with annotation version control
Herausgeber : Springer Nature pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1094/s41598-021-83827-4.pdf
Wilm , Frauke ; Bertram , Christof ; Marzahl , Christian ; Bartel , Alexander ; Donovan , Taryn A. ; Assenmacher , Charles-Antoine ; Becker , Kathrin ; Bennett , Mark ; Corner , Sarah M. ; Cossic , Brieuc ; Denk , Daniela ; Dettwiler , Martina ; Gonzalez , Beatriz Garcia ; Gurtner , Corinne ; Heier , Annabelle ; Lehmbecker , Annika ; Merz , Sophie ; Plog , Stephanie ; Schmidt , Anja ; Sebastian , Franziska ; Smedley , Rebecca C. ; Tecilla , Marco ; Thaiwong , Tuddow ; Breininger , Katharina ; Kiupel , Matti ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert ; Aubreville , Marc
Influence of inter-annotator variability on automatic mitotic figure assessment
Herausgeber : Springer
Sievert , Matti ; Eckstein , Markus ; Mantsopoulos , Konstantinos ; Müller , Sarina K. ; Stelzle , Florian ; Aubreville , Marc ; Oetter , Nicolai ; Maier , Andreas ; Iro , Heinrich ; Goncalves , Miguel
Impact of intraepithelial capillary loops and atypical vessels in confocal laser endomicroscopy for the diagnosis of laryngeal and hypopharyngeal squamous cell carcinoma
Herausgeber : Springer Nature pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/2319/Article_ImpactOfIntraepithelial.pdf
Sievert , Matti ; Oetter , Nicolai ; Aubreville , Marc ; Stelzle , Florian ; Maier , Andreas ; Eckstein , Markus ; Mantsopoulos , Konstantinos ; Gostian , Antoniu-Oreste ; Müller , Sarina K. ; Koch , Michael ; Agaimy , Abbas ; Iro , Heinrich ; Goncalves , Miguel
Feasibility of intraoperative assessment of safe surgical margins during laryngectomy with confocal laser endomicroscopy
Herausgeber : Elsevier Science
Bertram , Christof ; Donovan , Taryn A. ; Tecilla , Marco ; Bartenschlager , Florian ; Fragoso , Marco ; Wilm , Frauke ; Marzahl , Christian ; Breininger , Katharina ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert ; Aubreville , Marc
Dataset on bi- and multi-nucleated tumor cells in canine cutaneous mast cell tumors
Herausgeber : Springer Vieweg
Bertram , Christof ; Aubreville , Marc ; Donovan , Taryn A. ; Bartel , Alexander ; Wilm , Frauke ; Marzahl , Christian ; Assenmacher , Charles-Antoine ; Becker , Kathrin ; Bennett , Mark ; Corner , Sarah M. ; Cossic , Brieuc ; Denk , Daniela ; Dettwiler , Martina ; Gonzalez , Beatriz Garcia ; Gurtner , Corinne ; Haverkamp , Ann-Kathrin ; Heier , Annabelle ; Lehmbecker , Annika ; Merz , Sophie ; Noland , Erica L. ; Plog , Stephanie ; Schmidt , Anja ; Sebastian , Franziska ; Sledge , Dodd G. ; Smedley , Rebecca C. ; Tecilla , Marco ; Thaiwong , Tuddow ; Fuchs-Baumgartinger , Andrea ; Meuten , Donald J. ; Breininger , Katharina ; Kiupel , Matti ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert
Computer-assisted mitotic count using a deep learning–based algorithm improves interobserver reproducibility and accuracy
Herausgeber : Sage pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1314/03009858211067478.pdf
Marzahl , Christian ; Bertram , Christof ; Wilm , Frauke ; Voigt , Jörn ; Barton , Ann K. ; Klopfleisch , Robert ; Breininger , Katharina ; Maier , Andreas ; Aubreville , Marc
Cell detection for asthma on partially annotated whole slide images
Herausgeber : Springer Vieweg
Ganz , Jonathan ; Kirsch , Tobias ; Hoffmann , Lucas ; Maier , Andreas ; Breininger , Katharina ; Blümcke , Ingmar ; Jabari , Samir ; Aubreville , Marc
Automatic and explainable grading of meningiomas from histopathology images
Herausgeber : PMLR

2020

Marzahl , Christian ; Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Stayt , Jason ; Jasensky , Anne-Katherine ; Bartenschlager , Florian ; Fragoso , Marco ; Barton , Ann K. ; Elsemann , Svenja ; Jabari , Samir ; Krauth , Jens ; Madhu , Prathmesh ; Voigt , Jörn ; Hill , Jenny ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
Deep Learning-based quantification of pulmonary hemosiderophages in cytology slides
Herausgeber : Macmillan pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1178/s41598-020-65958-2.pdf
Bertram , Christof ; Aubreville , Marc ; Gurtner , Corinne ; Bartel , Alexander ; Corner , Sarah M. ; Dettwiler , Martina ; Kershaw , Olivia ; Noland , Erica L. ; Schmidt , Anja ; Sledge , Dodd G. ; Smedley , Rebecca C. ; Thaiwong , Tuddow ; Kiupel , Matti ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert
Mitotic count in canine cutaneous mast cell tumours
Herausgeber : Elsevier
Marzahl , Christian ; Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Gerlach , Stefan ; Maier , Jennifer ; Voigt , Jörn ; Hill , Jenny ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
Is crowd-algorithm collaboration an advanced alternative to crowd-sourcing on cytology slides?
Herausgeber : Springer Vieweg
Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Jabari , Samir ; Marzahl , Christian ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
Inter-species, inter-tissue domain adaptation for mitotic figure assessment
Herausgeber : Springer Vieweg
Bertram , Christof ; Veta , Mitko ; Marzahl , Christian ; Stathonikos , Nikolas ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert ; Aubreville , Marc
Are Pathologist-Defined Labels Reproducible?
Herausgeber : Springer
Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Marzahl , Christian ; Gurtner , Corinne ; Dettwiler , Martina ; Schmidt , Anja ; Bartenschlager , Florian ; Merz , Sophie ; Fragoso , Marco ; Kershaw , Olivia ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
Deep learning algorithms out-perform veterinary pathologists in detecting the mitotically most active tumor region
Herausgeber : Macmillan pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1179/s41598-020-73246-2.pdf
Schröter , H. ; Rosenkranz , Tobias ; Escalante-B , A. N. ; Aubreville , Marc ; Maier , Andreas
CLCNET: deep learning-based noise reduction for hearing aids using complex linear coding
Herausgeber : IEEE
Marzahl , Christian ; Bertram , Christof ; Aubreville , Marc ; Petrick , Anne ; Weiler , Kristina ; Gläsel , Agnes C. ; Fragoso , Marco ; Merz , Sophie ; Bartenschlager , Florian ; Hoppe , Judith ; Langenhagen , Alina ; Jasensky , Anne-Katherine ; Voigt , Jörn ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
Are Fast Labeling Methods Reliable?
Herausgeber : Springer
Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Donovan , Taryn A. ; Marzahl , Christian ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert
A completely annotated whole slide image dataset of canine breast cancer to aid human breast cancer research
Herausgeber : Springer Nature pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1176/s41597-020-00756-z-1.pdf
Bertram , Christof ; Aubreville , Marc ; Gurtner , Corinne ; Bartel , Alexander ; Corner , Sarah M. ; Dettwiler , Martina ; Kershaw , Olivia ; Noland , Erica L. ; Schmidt , Anja ; Sledge , Dodd G. ; Smedley , Rebecca C. ; Thaiwong , Tuddow ; Kiupel , Matti ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert
Computerized calculation of mitotic count distribution in canine cutaneous mast cell tumor sections
Herausgeber : Sage

2019

Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
Field of Interest Proposal for Augmented Mitotic Cell Count
Herausgeber : Scitepress
Goncalves , Miguel ; Aubreville , Marc ; Müller , Sarina K. ; Sievert , Matti ; Maier , Andreas ; Iro , Heinrich ; Bohr , Christopher
Probe-based confocal laser endomicroscopy in detecting malignant lesions of vocal folds
Herausgeber : Pacini pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1182/117-Article_Text-667-2-10-20191220.pdf
Aubreville , Marc ; Goncalves , Miguel ; Knipfer , Christian ; Oetter , Nicolai ; Würfl , Tobias ; Neumann , Helmut ; Stelzle , Florian ; Bohr , Christopher ; Maier , Andreas
Transferability of deep learning algorithms for malignancy detection in confocal laser endomicroscopy images from different anatomical locations of the upper gastrointestinal tract
Herausgeber : Springer
Aubreville , Marc ; Stoeve , Maike ; Oetter , Nicolai ; Goncalves , Miguel ; Knipfer , Christian ; Neumann , Helmut ; Bohr , Christopher ; Stelzle , Florian ; Maier , Andreas
Deep learning-based detection of motion artifacts in probe-based confocal laser endomicroscopy images
Herausgeber : Springer
Marzahl , Christian ; Aubreville , Marc ; Voigt , Jörn ; Maier , Andreas
Classification of leukemic b-lymphoblast cells from blood smear microscopic images with an attention-based deep learning method and advanced augmentation techniques
Herausgeber : Springer
Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
Augmented mitotic cell count using field of interest proposal
Herausgeber : Springer Vieweg
Bertram , Christof ; Aubreville , Marc ; Marzahl , Christian ; Maier , Andreas ; Klopfleisch , Robert
A large-scale dataset for mitotic figure assessment on whole slide images of canine cutaneous mast cell tumor
Herausgeber : Nature pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1183/s41597-019-0290-4.pdf

2018

Krappmann , Maximilian ; Aubreville , Marc ; Maier , Andreas ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert
Classification of Mitotic Cells
Herausgeber : Springer
Steffes , Lara-Maria ; Aubreville , Marc ; Sesselmann , Stefan ; Krenn , Veit ; Maier , Andreas
Classification of Polyethylene Particles and the Local CD3+ Lymphocytosis in Histological Slices
Herausgeber : Springer
Aubreville , Marc ; Ehrensperger , Kai ; Maier , Andreas ; Rosenkranz , Tobias ; Graf , Benjamin ; Puder , Henning
Deep Denoising for Hearing Aid Applications
Herausgeber : IEEE
Mualla , Firas ; Aubreville , Marc ; Maier , Andreas
Microscopy
Herausgeber : Springer pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/2641/Mualla2018_Chapter_Microscopy.pdf
Stoeve , Maike ; Aubreville , Marc ; Oetter , Nicolai ; Knipfer , Christian ; Neumann , Helmut ; Stelzle , Florian ; Maier , Andreas
Motion Artifact Detection in Confocal Laser Endomicroscopy Images
Herausgeber : Springer Vieweg
Aubreville , Marc ; Goncalves , Miguel ; Knipfer , Christian ; Oetter , Nicolai ; Würfl , Tobias ; Neumann , Helmut ; Stelzle , Florian ; Bohr , Christopher ; Maier , Andreas
Patch-based Carcinoma Detection on Confocal Laser Endomicroscopy Images
Herausgeber : SciTePress
Aubreville , Marc ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
SlideRunner
Herausgeber : Springer Vieweg

2017

Aubreville , Marc ; Krappmann , Maximilian ; Bertram , Christof ; Klopfleisch , Robert ; Maier , Andreas
A guided spatial transformer network for histology cell differentiation
Herausgeber : Eurographics Association
Aubreville , Marc ; Knipfer , Christian ; Oetter , Nicolai ; Jaremenko , Christian ; Rodner , Erik ; Denzler , Joachim ; Bohr , Christopher ; Neumann , Helmut ; Stelzle , Florian ; Maier , Andreas
Automatic classification of cancerous tissue in laserendomicroscopy images of the oral cavity using deep learning
Herausgeber : Macmillan pdfhttps://opus4.kobv.de/opus4-haw/files/1246/s41598-017-12320-8-2.pdf

2015

Aubreville , Marc ; Petrausch , Stefan
Directionality assessment of adaptive binaural beamforming with noise suppression in hearing aids
Herausgeber : IEEE